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インフルエンザウイルスは大きく分けて、Ａ型・Ｂ型・Ｃ型の3種類があります。このうちヒトの世界で流行を起こし問題となるのは、Ａ型とＢ型です。また、Ａ型ウイルスは表面構造の違いによりさらに何種類かに分類されます。
現在は、A/H1N1（ソ連型）とA/H3N2（香港型）、及びＢ型の3種類が流行している他、鳥インフルエンザがヒトの体内で新型に変化した新型インフルエンザも流行しています。

インフルエンザが流行する冬季には、インフルエンザ以外の感染症も流行します。そのため、正確な診断を下すためにはインフルエンザウイルスに感染しているかどうかの検査を行います。
最も確実な診断方法は、患者さんの咽頭をぬぐった液か、うがい液を採取し、ウイルス分離を行うことです。もう一つは、血液検査でインフルエンザウイルスの抗体価が上昇しているかどうかを確認する方法があります。これらの検査で、インフルエンザウイルスが検出されて確定診断となります。
ただし、これらの検査は結果が出るまでに時間（数日）がかかるため、現在ではすぐに（十分程度）結果が出る迅速診断キットを使用している医師も多くなっているようです。

発症から48時間以内に、ノイラミニダーゼ阻害薬などの抗インフルエンザ薬を服用します。抗インフルエンザ薬には内服薬、吸入薬、注射薬といったタイプがあります。
発熱、頭痛、関節痛、筋肉痛などへの対症療法として解熱鎮痛剤を、鼻水、くしゃみに抗ヒスタミン剤、咳、痰に鎮去痰剤が用いられることもあります。しかし、これらの症状は身体からインフルエンザウイルスを追い出し治そうとする、身体の自然な反応ですので、薬で無理に抑えてしまうとかえって治りが遅くなってしまうこともあります。自己判断で薬は服用せず、医師の指示に従ったほうがよいでしょう。
また、小児の場合は解熱鎮痛剤を使用するとまれに、ライ症候群という合併症を併発することもありますので、必ず医師の指示のもとに服用するようにしてください。

なお、インフルエンザウイルスに抗生物質は無効です。合併症の肺炎を引き起こしている方や、高齢者で肺炎を引き起こす可能性の高い方に対して予防的に使用する以外には、インフルエンザの治療では抗生物質は使用しません。

インフルエンザの予防接種を受けたら絶対にインフルエンザにかからないというわけではありません。成人の場合、インフルエンザの発病阻止率は70％～90％ぐらい、小児の場合はさらに低くなります。
このデータをみると、”なんだ、こんなものか。それじゃ予防接種してもしょうがないな。”と感じる方もいるのではないかと思いますが、予防接種とは、病気にかかりにくくしたり、かかっても重くならないようにすることが目的だとご理解ください。